A Maratona é uma das disciplinas que compõe a longa distância e dependendo do escalão poderá ter provas com uma extensão de 36km. Nesta especialidade o canoísta poderá ter que ultrapassar troços em terra ou outros obstáculos, conhecidos como portagens, onde o atleta após sair da embarcação terá de a transportar até entrar na água novamente.

Nas maratonas as embarcações utilizadas são as mesmas que nas provas de regatas em linha e de fundo, podendo apenas ser mais leves. Estas são disputadas em águas calmas de rios ou lagos, embora os regulamentos admitam que possam ter alguma corrente ou ondas.